В связи с переходом на двухуровневую систему подготовки специалистов в России специальность 080801 – «Прикладная информатика в экономике» упразднена и на месте этой специальности с 2011 года прием студентов будет осуществляться только по направлению 230700 -  «Прикладная информатика»:

1. В бакалавриат со сроком обучения 4 года - очно и 5 лет - заочно по профилю «Прикладная информатика в экономике»;
2. В магистратуру  очно со сроком обучения 2 года по следующим программам магистерской подготовки:
• «Прикладная информатика в управлении финансами»  
• «Системы бухучета и аудита».

Вступительные испытания (ЕГЭ) на направление 230700 – «Прикладная информатика»: математика, физика, русский язык.

Обучение студентов за счет бюджетных средств и на договорной основе как на дневном, так и на заочном отделении.

В процессе обучения студенты этой образовательной программы получают серьёзную общеэкономическую подготовку. Они изучают экономическую теорию, основы бизнеса, маркетинг, бухгалтерский учёт и аудит, налоги и налогообложение, менеджмент. финансы, денежное обращение и кредит, проектирование информационных систем, информационную безопасность, базы данных и знаний, информационные системы в бухучете и аудите, информационные системы в банковском деле, интеллектуальные информационные системы и многое другое. В результате обучения на кафедре Информационных систем в экономике (ИСЭ) студент становится высококлассным специалистом в области автоматизации банковской деятельности и информационных технологий в бухгалтерском учете и аудите. Этому способствуют современная лабораторная база, высококвалифицированный преподавательский состав кафедры ИСЭ (более половины состава кафедры являются победителями различного уровня школьных и студенческих олимпиад по математике, экономике, физике и программированию; многие из ведущих преподавателей являются выпускниками МГУ им. М.В.Ломоносова. Качественной подготовке специалистов также способствуют широкие научные связи кафедры с ведущими вузами России и Западной Европы.

Выпускники кафедры ИСЭ становятся хорошими банковскими специалистами и работниками бухгалтерий, у которых основным рабочим инструментарием являются современные вычислительная техника и программное обеспечение.

Они работают во всех крупных организациях и предприятиях, министерствах и ведомствах Дагестана, в банках, а также в частных фирмах и концернах, включая и иностранные. Процент трудоустройства выпускников кафедры в первые два года после окончания вуза в среднем превышает 80%, а в последующие два года эта цифра приближается к 100%.

Лучшие выпускники кафедры могут быть оставлены для работы в качестве преподавателей в ДГТУ или  они могут продолжить обучение в аспирантуре. При кафедре функционирует аспирантура по двум специальностям: 08.00.12 – «Бухгалтерский учет, статистика»  и 08.00.13 – «Математические и инструментальные методы экономики» под руководством д.э.н., профессора Абдулгалимова А.М..

За время существования кафедры подготовлено более тысячи специалистов по следующим трем специализациям: а) информационные системы в банковском деле; б) информационные системы в бухгалтерском учете и аудите; в) информационные системы в налоговом деле, в том числе 62% по дневной форме обучения и 38% по заочной.

Сотрудники кафедры поддерживают тесные научные контакты со многими ведущими вузами и научно-исследовательскими институтами России и зарубежных стран. Сотрудниками кафедры за период с 1995 года по 2010 год опубликованы 15 монографий, 12 учебных пособий и более 40 научных статей в центральных изданиях, более 60 методических указаний.

Кафедра оснащена современной электронно-вычислительной техникой с соответствующим профилю специальностей программным обеспечением и с выходом в глобальную сеть Internet.

Направления деятельности кафедры:  
-  в учебном плане - это такие направления, как банковские информационные системы, бухгалтерские информационные системы, информационные системы в налоговом деле и информационные технологии в юриспруденции;
-  в научном плане - это такие направления, как разработка и создание автоматизированных информационных систем прогнозирования социально-экономических  процессов; разработка баз знаний для задач выбора рациональной структуры региональных информационных систем и исследование их надежности и эффективности; автоматизация деятельности предприятий, организаций и проблемы ее оптимизации; математические и инструментальные методы экономики.

По указанным научным направлениям кафедра также выполняет хоздоговорные работы и тесно сотрудничает с Министерством экономики Республики Дагестан, МГУ им. М.В. Ломоносова, Московским осударственным университетом экономики, статистики и информатики (МЭСИ).

С 2010 года по решению УМО по направлению «Прикладная информатика» и приказу Министерства образования и науки Российской Федерации кафедра является региональным центром проведения олимпиады среди студентов по учетно-аналитическим задачам и проведению конкурса выпускных квалификационных работ.